Caro Bruno Amorim, boa tarde.
O envio da nota de culpa durante o período de incapacidade temporária para o trabalho é um procedimento lícito, uma vez que "estar de baixa" indica que é trabalhador (embora "não ativo") de uma empresa.
Quanto "ao que fazer", vamos sugerir-lhe que leia os artigos 353 a 358 do Código do Trabalho em vigor, aprovado pela Lei 7/2009 de 12 Fevereiro, na redação atual (em
sabiasque.pt/codigo-do-trabalho.html
) e que consulte um advogado. Este profissional poderá ajudá-lo a entender os procedimentos legais, a contextualizar legalmente a situação e a ajudá-lo a refutar os argumentos apresentados pelo empregador de forma a poder responder à nota de culpa.