Caro MiguelCostaMgs, bom dia.
Não tem de pagar-lhe o salário mensal, mas sim o valor correspondente aos dias de férias (e respetivo/proporcional subsídio) que não goza porque coincidem com o seu período de baixa. Ainda assim, com a possibilidade de marcar os dias de férias que não goza por motivo de doenca noutra altura do ano, Isto pode/deve ser feito por acordo entre as partes, mas o empregador tem o direito de "veto" final sobre a marcacão de férias dos seus trabalhadores.