Se o seu contrato de trabalho inicial diz que tem isenção, então o empregador não pode alterar as condições contratuais negociadas individualmente consigo, e assentes em contrato assinado por ambas as partes, sem que haja acordo entre ambos. Ver informação em
sabiasque.pt/trabalho/legislacao/resumos...oes-contratuais.html
Se recebeu (oficialmente) essa carta deveria responder num prazo de 10 dias (consecutivos) a rejeitar a revogação do acordo de isenção. Se não recebeu (oficialmente) a carta, então o acordo mantém-se. Poderá consultar a ACT (contactos em
sabiasque.pt/familia/noticias/2352-denun...resentar-queixa.html
) para ter uma resposta "oficial" quanto à manutenção do acordo de isenção inicial.
Quanto à última questão, se o seu contrato não estipula um horário de trabalho, uma vez que tem isenção, então não tem um horário a cumprir e, consequentemente, não tem como registar entradas/saídas... se o seu contrato estipula um horário (porque apenas posteriormente foi feito o acordo de isenção), então há que exigir um sistema de registo de entradas/saídas.