Caro Rui Charneca, bom dia.
Para responder de forma direta à sua questão, em termos legais não há grande coisa que possa ser feita "contra" o facto de ela poder vir a ser colocada numa portaria, como vigilante. Se é isso que está descrito como função no contrato de trabalho, então a empresa poderá vir a colocá-la numa função que equivale ao que está descrito no contrato de trabalho. Nada mais será do que fazer cumprir os termos contratuais da sua esposa.
Há, no entanto, uma proteção legal para as trabalhadoras puérperas (que amamentam ou aleitam o bebé), após a licença de maternidade e aquando regresso ao trabalho. Sugerimos que leiam os artigos 33 a 65 do Código do Trabalho em vigor (Lei 7/2009 de 12 Fevereiro) que pode consultar a partir da página
sabiasque.pt/codigo-do-trabalho.html
para saberem como se "defenderem" durante o período que durar a amamentação e/ou aleitamento do bebé.