Cara Cristina Sousa, boa tarde.
O empregador não pode, por norma, fazer alterações à remuneração e benefícios a que o trabalhador tem direito por contratação, a não ser que haja (novamente) acordo entre as partes quanto às alteração das condições contratuais. Poderá haver exceções caso o CCT defina "políticas" diferentes do Código do Trabalho ou haja um regulamento interno da empresa que defina, igualmente, "políticas" diferentes. Mas existem sempre "direitos adquiridos" que são as condições contratuais definidas "à partida", e essas não devem sofrer alterações sem o acordo de ambas as partes.
Quanto às faltas para ir à escola do filho, o Código do Trabalho diz que são faltas justificadas (deve sempre apresentar justificativo) e, como tal, nada impede o empregador de descontar o valor de remuneração e subsídio de refeição correspondente ao período de falta.
Quanto às faltas para assistência a filho menor (quando vai a uma consulta, fazer um exame, um tratamento, ou algo semelhante), sim, existe um limite de 15 dias para faltas por assistência a filho menor que podem ser justificadas (apresente sempre justificativo) e, mais uma vez, nada impede o empregador de descontar o valor de remuneração e subsídio de refeição correspondente ao período de falta.