Cara anasalgado, boa tarde.
Qualquer trabalhador que falte, mesmo quando justificadamente e por direito legal, pode ficar sem a remuneração do período/dia em falta.
Se o trabalhador fizer trabalho suplementar deverá ser pago em conformidade, não se deve assumir que uma coisa "compensa" a outra.
O trabalho suplementar (horas extraordinárias) deixou de poder ser compensado com "descanso compensatório", sendo atualmente pago da seguinte forma:
1. Primeira hora extra em dia útil (de trabalho "normal"), acrescenta 25% ao valor diário do salário base.
2. Horas seguintes em dia útil (de trabalho "normal"), acrescenta 37,5% ao valor diário do salário base.
3. Horas extra em dia de descanso semanal ou em feriado, acrescenta 50% ao valor diário do salário base.
Nesta matéria consultar os pontos 2 e 3 do artigo que encontra em
sabiasque.pt/trabalho/legislacao/resumos...-agosto-de-2012.html