Caro Pedro, boa tarde.
A política de atribuição de ajudas de custo (perdiem) depende da decisão do empregador.
Em todos os casos em que haja direito a ajudas de custo, as despesas decorrentes da deslocação do trabalhador ao serviço da empresa, sejam elas alojamento, viagens, deslocações em transportes ou refeições poderão, ou não, estar consideradas no valor perdiem. Se não houver ajudas de custo, então o empregador é obrigado a custear todas as despesas decorrentes da deslocação do trabalhador ao serviço da empresa.
Tratando-se do setor público, os trabalhadores têm direito (incontestável) a ajudas de custo diárias que, por norma, incluem as despesas.