Cara Teresa Resendes, boa tarde.
Vamos admitir que, neste caso, se possa colocar a hipótese de ser um "erro humano" por causa dos softwares de contabilidade/pagamentos/gestão de pessoal/retribuições.
Poderemos especular que a entidade dispõe de um qualquer software de gestão de remunerações e que, havendo exceções, como sejam os dias de compensação das horas extraordinárias, o software não tenha a capacidade, por si só, de admitir as ditas exceções e que, por uma qualquer razão, os funcionários não deram pela "falha" porque apenas têm a informação de que não "picou o ponto", logo, que faltou... poderá ser?
Sugerimos-lhe que verifique o que se poderá ter passado, seja com os superiores hierárquicos, seja com o pessoal da gestão de pessoas, de forma a que possa reclamar devidamente a reposição da situação.