Cara Virgínia, boa tarde.
Quando o trabalhador executa 5 horas de trabalho num dia "normal" poderá ter direito ao subsídio de almoço, no entanto, o empregador não poderá incentivar a prática de um horário de 5 horas consecutivas se o contrato de trabalho dispuser um horário fixo, sob pena de denúncia e coimas.
Quanto ao "desconto" do subsídio de almoço em dias em que recebe ajudas de custo, o procedimento está correto, uma vez que, assume-se, a empresa terá definido que a ajuda de custo cobre despesas de alimentação para trabalhador deslocado ao serviço da empresa em território nacional (continente).