Cara Rita, bom dia.
À partida, pode trabalhar com contrato (por conta de outrem) e passar os recibos (como trabalhadora independente) ao tempo, sim. No entanto, verifique atentamente se o seu contrato de trabalho ou uma regulamentação interna da empresa a "proíbem" de prestar serviços a outrem (como trabalhador independente) mediante uma cláusula de "exclusividade" ou "concorrência". Havendo uma qualquer disposição sobre "exclusividade" ou "concorrência", então há que analisar as condições destas e decidir depois de recolhida a informação necessária.
Não havendo "exclusividades" ou "concorrências", então os descontos para a Seg. Social continuarão, em princípio, a ser efetuados pelo empregador com quem tem um vínculo contratual. Deixamos-lhe a sugestão de, não havendo condicionantes contratuais ou regulamentares, ou qualquer tipo de incompatibilidade entre empresas e/ou trabalho prestado, informe o empregador de que pretende trabalhar por conta própria.
Relativamente ao ato único, poderá passar um ato único no final do ano com o valor total se a empresa concordar e poderá passar um ato único por ano à mesma empresa se a empresa concordar.
Relativamente ao que possa ser mais vantajoso, pensamos ter que considerar "fazer as contas". Caso opte pelo ato único, receberá apenas no final do ano, com uma carga tributária concentrada. A opção será, naturalmente, sua.