Relativamente à primeira questão, tendo comunicado a ausência mas não entregando a justificação, incorre em falta injustificada, o que não é tão grave quanto isso. Não podem despedi-la por faltar injustificadamente uma vez. Veja os artigos 256 e 257 do Código do Trabalho. Isto tem efeitos nas férias do próximo ano, mas pode ser compensação suficiente de não ter que expor a sua vida privada.
Quanto à segunda questão, pode rescindir o contrato em qualquer altura desde que observe o artigo 400 do Código do Trabalho, no caso de contratação sem termo. O tempo que está de baixa conta para o período de pré-aviso. Isto significa que se o tempo de duração da sua baixa é equivalente ou superior ao tempo de pré-aviso que tem que dar ao empregador, não fica em dívida para com o empregador. E tem direito a receber o valor proporcional de subsídio de férias e de Natal relativo aos meses trabalhados no ano em que termina o contrato.
A resposta à terceira questão é afirmativa, o empregador pode descontar o valor equivalente ao tempo de deslocação do trabalhador a entidade de saúde, mesmo com justificativo.