Caro Sérgio Marques, boa tarde.
Claro que não deveria descontar-lhe o dia, mas se o empregador não descontar o dia, a Seg. Social vai entrar "em choque" por causa da sobreposição do dia de trabalho com o dia de baixa.
O médico é que não deveria passar-lhe a baixa a partir de um dia já trabalhado, deveria ter passado a partir de dia 11.
A mesma coisa para o dia 12, mesmo estando de folga, como está num dos dias compreendidos na baixa (de 10 a 13), o empregador tem de descontar, sob risco da Seg. Social começar a fazer perguntas e inviabilizar a baixa.
Para se precaver da justificação de faltas, deverá confirmar junto do empregador o registo da justificação das mesmas, e a reposição do pagamento.