Cara betaraujo, boa tarde.
O tempo de deslocação para o local de trabalho não deve ser contabilizado como tempo de trabalho, ou seja, não pode fazer as deslocações no seu horário de trabalho.
No entanto, como diz que "uma vez que terei que passar pela sede diariamente", e a título de exemplo, se começa a trabalhar às 9h00, deve apresentar-se na sede da empresa às 9h00 e depois deslocar-se para o novo local de trabalho. Apenas nas circunstâncias que descreve. Imagine que o cenário seria iniciar o trabalho às 9h00 no novo local de trabalho, então, teria que apresentar-se no novo local de trabalho às 9h00, não contando a deslocação como tempo de trabalho. Se o horário de saída é as 18h00 (mais uma vez a título de exemplo), então, deve deslocar-se para casa após as 18h00.
A empresa é obrigada a pagar-lhe o valor das deslocações para o novo local de trabalho, uma vez que está a "obrigá-la" a deslocar-se para um local diferente daquele que está definido no seu contrato de trabalho.