Caro/a certal88, bom dia.
O contrato de trabalho estipula as regras pelas quais se regula a relação laboral entre as partes. Aquilo que está disposto em contrato de trabalho é o que o trabalhador, e empregador, devem (estão obrigados a) cumprir. Tudo o demais, que ultrapasse o que ficou acordado inicialmente, deve ser acordado e regulado por escrito, em adenda ao contrato.
As horas extraordinárias devem ser assumidas e compensadas como tal, uma vez que saem do que está estipulado no contrato, assim como as alterações do horário, que devem ser previstas com antecedência e comunicadas/acordadas entre as partes.
O prazo que refere, de 3 meses, poderá estar relacionado com o período experimental, ou seja, os 90 dias iniciais de contratação são o período de experiência, em que ambas as partes verificam a sua disposição de manter, ou não, o vínculo contratual. Assim, poderá ser que o empregador apenas faça a compensação após término do prazo do período experimental.
Sobre alteração das condições contratuais poderá ler o artigo que encontra em
sabiasque.pt/trabalho/legislacao/resumos...oes-contratuais.html
Tratando-se de um trabalho a tempo parcial, o empregador não pode reter o trabalhador para além do tempo de trabalho previsto, uma vez que é direito do trabalhador ter outro trabalho igualmente a tempo parcial. Digamos que o empregador está a prejudicar a sua vida profissional e pessoal... não pode, não tem esse direito, a não ser que compense devidamente o trabalho suplementar efetuado.