Caro/a pmartins95, boa tarde.
Por norma, tratando-se de uma situação de contratação de trabalhador particular por empresa, sem a intervenção de qualquer entidade estatal (como seja o IEFP, por exemplo), os termos do acordo contratual são definidos entre as partes, pelo que, se concordou em fazer o estágio a 35 Km de casa, então as despesas são por conta do trabalhador, não havendo qualquer obrigatoriedade em pagarem-lhe um subsídio de transporte/deslocações.
Caso se trate de uma situação contratual em que houve intervenção de uma entidade estatal, então sugerimos-lhe que verifique o regulamento de estágios profissionais a que está afeto para perceber se existe alguma norma/cláusula que lhe conceda direito a subsídio de transporte.