Caro Cbuzz, boa tarde.
Por aquilo que descreve, não nos parece haver qualquer tipo de "irregularidade".
Muito embora possamos não estar na posse de todos os elementos e do conhecimento da regulamentação laboral específica do setor público ligado à educação, parece-nos que a diferença de funções que descreve possa estar mais diretamente relacionada com o descritivo de funções associado a cada categoria profissional do que com o tipo/forma do contrato de trabalho.
O que lhe podemos sugerir: se os contratos estão sujeitos a um IRCT ou CCT, verifique quais as funções de uma e outra categoria profissional nele descritos. Poderá aí encontrar a "diferença" no "tratamento" dos trabalhadores.