Caro Sérgio Cardoso, boa tarde.
Quanto às férias, o trabalhador que retoma a atividade laboral após baixa prolongada, superior a 30 dias consecutivos, tem direito a 2 dias de férias por cada mês completo de trabalho (e proporcional em caso de mês incompleto) e respetivo/proporcional subsídio, até um máximo de 20 dias de férias anuais que pode gozar apenas após decorridos 6 meses completos de trabalho. Se o ano civil termina antes de passados estes 6 meses, então o trabalhador poderá gozar as suas férias até 30 Junho do ano seguinte.
Quanto à isenção de horário, se estivermos a falar de uma situação em que as condições do contrato de trabalho foram acordadas individualmente, ou seja, num contrato individual, apenas poderá haver alterações àquilo que têm acordado desde o início da relação laboral caso haja acordo entre as partes.