Caro Tiago, bom dia.
Pela informação de que dispomos, o prazo de aviso prévio conta a partir do momento em que é notificado, ou seja, assumindo a primeira comunicação. A notificação de despedimento por extinção de posto de trabalho, neste caso a segunda comunicação, é um requisito legal de cumprimento do procedimento correto em termos processuais.