Cara Elsa, boa tarde.
Um "protocolo de colaboração" é válido judicialmente, sim, qualquer tipo de acordo assinado por duas ou mais partes tem validade legal.
O "pacto de concorrência", admitindo que está a referir-se ao facto do trabalhador não poder criar uma empresa concorrente durante um determinado período de tempo após ter sido despedido ou de se despedir, pode ser feito por si só, agregado a um "protocolo de colaboração" ou em sede de contrato de trabalho.
A não remuneração durante o período de carência do "pacto de concorrência", o tempo de vigência deste, não deveria ser aplicável, mas uma vez que está escrito e foi assinado, poderá ser difícil reverter esta disposição contratual do protocolo.
Quanto à questão da mudança do nome da empresa e da consequente "transferência" da validade do "protocolo de colaboração" - e "pacto de concorrência" - não lhe conseguimos responder mas deixamos-lhe a sugestão de consultar um advogado antes de tomar uma decisão definitiva sobre qualquer tipo de ação.
Existem disposições legais que protegem um trabalhador em casos de "grande confusão" gerada pelo empregador, que nos parece ser o caso.