Caro Edgar Nunes, boa tarde.
O procedimento do seu empregador é o regulamentar, está correto. Poderá solicitar as "Prestações Compensatórias" relativas ao período de baixa junto da Segurança Social, como descrito no
Guia Prático Prestações compensatórias dos subsídios de férias, Natal ou outros semelhantes
da Segurança Social (quase no final).
Quanto às férias, no ano em que o trabalhador retoma o trabalho após baixa prolongada (superior a 30 dias), tem direito a 2 dias de férias por cada mês completo de trabalho (e proporcional em caso de mês incompleto) e respetivo/proporcional subsídio, até um máximo de 20 dias de férias anuais que pode gozar apenas após decorridos 6 meses completos de trabalho. Se o ano civil termina antes de passados estes 6 meses, então o trabalhador poderá gozar as suas férias até 30 Junho do ano seguinte.
Em 1 Janeiro 2013, admitindo que tem um vínculo contratual efetivo (ou a termo incerto) há mais de 2 anos, "ganha" 22 dias de férias. A "penalização" nas férias acontece no ano em que o trabalhador esteve de baixa. No entanto, o gozo destes 22 dias de férias apenas é possível a partir do mês em que o trabalhador retomou a atividade.