Caro Paulo Silva, boa tarde.
Está absolutamente correto naquilo que afirma, "Nesta situação uma de 2 coisas é perdida, ou o gozo, ou as férias".
Se recebeu o subsídio de férias na íntegra "aquando do primeiro gozo de férias do ano.", então nada ficou por receber, mas sim por gozar. Está "em falta" de gozo de 6 dias de férias, como indica.
Tendo entrado de baixa antes do gozo do segundo período de férias, os 6 dias referidos, tem direito a gozá-las após o término do período de baixa. Se não o fez, e até 30 Abril do ano seguinte, não perde direito a esses dias de férias, devendo o empregador pagar-lhe os mesmos.
A sua frase "Quanto às férias no ano de retorno será aplicada a lei como se de um contrato inicial se tratasse." está correta. "Para efeitos de contabilização/pagamento de dias de férias nos anos em que o trabalhador esteve de baixa ou, por exemplo, licença sem retribuição, aplica-se a "regra" dos 2 dias de férias, igual ao do ano da contratação." como poderá ler em
sabiasque.pt/trabalho/legislacao/resumos...-dias-de-ferias.html