Caro lipamachado, boa tarde.
Por norma, quando há uma regulamentação interna da entidade/empresa que é dada a conhecer aos trabalhadores, esta tem prevalência sobre as determinações do Código do Trabalho em vigor. No entanto, parece-nos um sistema que provoca um afastamento do cumprimento do Código do Trabalho e que, portanto, possa vir a ser considerado "ilegal".
Pensamos que seja adequado, mediante sua decisão, claro, confirmar a questão através do serviço de atendimento telefónico do MSESS - Ministério da Solidariedade, Emprego e Segurança Social, pelo número 218 401 012, nos dias úteis das 9h00 às 17h00. Este serviço poderá fornecer-lhe um parecer oficial, ainda que "verbal", sobre a matéria.