Cara Soraia Carvalho, boa tarde.
Não havendo gozo de férias devido a baixa por doença, o trabalhador terá direito, findo o contrato por caducidade, a que o empregador lhe pague as férias não gozadas e o respetivo/proporcional subsídio.
Caso o empregador não lhe pague o subsídio, deverá solicitar à Seg. Social as "Prestações compensatórias" de subsídio de férias relativas ao período de baixa, conforme descrito na página
seg-social.pt/subsidio-de-doenca
(último separador horizontal).
O contrato coletivo de trabalho (CCT) a que a entidade está vinculada deverá dispor sobre esta matéria e, por norma, a maioria dos CCT estão conformes o Código do Trabalho em vigor (aprovado pela Lei 7/2009 de 12 Fevereiro, com as alterações posteriores).