Caro Rui Ferreira, bom dia.
O empregador paga o valor do subsídio de férias relativo ao tempo efetivamente gozado pela trabalhadora, neste caso, os 12 dias que a sua esposa irá gozar após o término da licença de maternidade.
Para o subsídio de Natal passa-se a mesma coisa, o empregador apenas pagará o valor correspondente ao período efetivamente trabalhado este ano pela sua esposa.
O valor correspondente ao período de férias não gozadas, assim como o valor do subsídio de Natal correspondente ao período de licença, deverão ser solicitados à Seg. Social como "Prestações compensatórias", conforme descrito nas páginas
seg-social.pt/subsidio-de-doenca
ou
seg-social.pt/subsidio-parental
do site da Seg. Social (último separador horizontal).