baixa medica

Boa tarde , alguem me sabe esclarecer da seguinte situação.
A minha mãe é assistente operacional numa escola publica . Ele esteve 18meses de baixa devido a uma pneumonia , terminando os 18meses nao chamaram para a junta médica , ela receber uma carta com 3 alternativas que podia fazer. optou por ir ao medico de familia e este passou um atestado dizendo que esta situaçao estava resolvida e que ela podia voltar ao trabalho , a minha mae entregou este atestado no seu local de trabalho , onde lhe foi dito que ela tinha férias para gozar e que podia trabalhar dois dias fazer o requerimento e entrar de ferias , ela assim fez e a escola aprovou as ferias. passado 15 dias o medico disse que como ela tinha que ser operada ao canal carpico que nao devia estar a trabalhar , e passou primeiro um atestado de 12 dias , o qual a minha mae entregou na escola , interrompendo assim o periodo de ferias e entrando de atestado , passados os 12 dias o medico passou mais um atestado este de 30 dias , findo estes 30 o medico passou mais um atestado de 30 dias , passando assim para a junta medica do serviço , entretanto a minha mae foi operada a 17 de setembro continuando de baixa, no dia 14 de dezembro foi chamada à junta medica onde ficou decidido que ela podia voltar ao trabalho com serviços moderados apartir de 4 de janeiro de 2016. No entanto no dia 28 de dezembro ela foi chamada à escola para lhe ser entregue uma carta onde diz que ela se encontra numa situaçao de liceença sem vencimento ( da qual ela não tinha conhecimento ) , e que tinha que fazer um requerimento a a rescindir a licença sem vencimento para poder voltar a trabalhar ...
a minha mãe procurou a directora para saber o que se passava pois não tinha sido informada de nada , ao que a directora respondeu , que recebeu uma carta dos serviços centrais dizendo que aquela funcionaria excedeu o limite de faltas injustificadas e que tinha que fazer um requerimento de resciçao da licença sem vencimento para poder voltar ao trabalho, a directou diz que perguntou o porque da funcionaria ter faltas injustificadas quando a mesma está de atestado medico ....a resposta foi que os atestados não foram aceites e como tal agora a funcionaria tem que receber o dinheiro que recebeu ...
Alguém me sabe dizer o motivo pelos quais os atestados nao foram aceites pelos serviços ???
obrigado